人类微生物组分析
了解新一代测序(NGS)如何助力能够对整个微生物群落的基因组(包括不可培养生物的基因组)进行调查的研究。
利用无需培养的基于NGS测序的ITS和16S rRNA基因测序方法,鉴定并比较复杂微生物群落或环境中的微生物。
16S和ITS rRNA测序(内部转录间隔区核糖体RNA测序)是常用的扩增子测序方法,可用于鉴定和比较给定样本中的细菌或真菌。基于NGS的ITS和16S rRNA基因测序可比较来自复合微生物组或环境中难以研究甚至不可能研究的样本的系统发育和分类,它们都是该应用领域的成熟方法。
原核生物的16S rRNA基因长约1500 bp,包含9个散布在保守区域之间的可变区。16S rRNA的可变区经常用于不同微生物群落的属或种系统进化分类1。rRNA顺反子的ITS1区域是鉴定宏基因组样本中真菌物种的常用DNA标记2。
16S和ITS核糖体RNA NGS方法的一个主要优点是它们提供了一种经济高效的技术,可以鉴定传统方法可能无法发现的菌株。与毛细管测序或基于PCR的方法不同,新一代测序无需培养即可分析样本中的整个微生物群落。
微生物学家通过16S rRNA NGS可以将菌群宏基因组学研究的灵敏度提升至属水平。使用NGS进行ITS分析可以快速鉴定真菌,有助于我们深入了解真菌微生物组。此外,NGS还能在单次测序运行中分析多个样本。
在这本指南中,您将了解用于细菌群落和微生物组分类学分析的解决方案。Illumina新一代测序(NGS)工作流程整合了文库制备、测序和数据分析。
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