16S 和 ITS rRNA 测序

利用无需培养的基于NGS测序的ITS和16S rRNA基因测序方法,鉴定并比较复杂微生物群落或环境中的微生物。

16S和ITS rRNA测序是什么?

16S和ITS rRNA测序(内部转录间隔区核糖体RNA测序)是常用的扩增子测序方法,可用于鉴定和比较给定样本中的细菌或真菌。基于NGS的ITS和16S rRNA基因测序可比较来自复合微生物组或环境中难以研究甚至不可能研究的样本的系统发育和分类,它们都是该应用领域的成熟方法。

原核生物的16S rRNA基因长约1500 bp,包含9个散布在保守区域之间的可变区。16S rRNA的可变区经常用于不同微生物群落的属或种系统进化分类1。rRNA顺反子的ITS1区域是鉴定宏基因组样本中真菌物种的常用DNA标记2

Male researcher collecting water and soil samples in an agricultural field, holding a pipette and dropping liquid into a beaker, testing the pH of the soil.

基于NGS的ITS和16S rRNA分析的优势

16S和ITS核糖体RNA NGS方法的一个主要优点是它们提供了一种经济高效的技术,可以鉴定传统方法可能无法发现的菌株。与毛细管测序或基于PCR的方法不同,新一代测序无需培养即可分析样本中的整个微生物群落。

微生物学家通过16S rRNA NGS可以将菌群宏基因组学研究的灵敏度提升至属水平。使用NGS进行ITS分析可以快速鉴定真菌,有助于我们深入了解真菌微生物组。此外,NGS还能在单次测序运行中分析多个样本。

16S和ITS rRNA测序的应用

人类微生物组分析

了解新一代测序(NGS)如何助力能够对整个微生物群落的基因组(包括不可培养生物的基因组)进行调查的研究。

传染病鉴定

了解基于新一代测序(NGS)的方法如何改进病毒、细菌、真菌和寄生虫的传染病特征描述和监测。

环境宏基因组学

通过对环境样本中的DNA进行分析,研究微生物群落中的生物体。

 

特色16S and ITS rRNA方案

16S rRNA测序方案

查看细菌16S rRNA扩增子测序的演示实验方案和常见问题解答(FAQ),以及使用该方案构建的文库在MiSeq测序仪上运行后生成的示例数据集。

ITS rRNA测序方案

查看一个用于分析真菌或宏基因组样本的演示实验方案,其中包含引物序列,并提供推荐的数据分析工作流程。

16S和ITS rRNA测序的工作流程演示

1
文库制备

用于文库清洁和尺寸选择的磁珠,有30毫升、100毫升或400毫升的规格可供选择。相关产品可在Illumina DNA Prep产品页面的“配件产品”部分找到。下载单页

2
测序
3
分析

在NextSeq 1000和NextSeq 2000测序仪上进行16S rRNA测序

了解NextSeq 1000和NextSeq 2000测序仪如何助力您的实验室实现微生物群落的高效、高通量特征分析能力。

NextSeq 1000/2000 in dry lab in front of a window displaying start screen, blurry foreground

相关方法

鸟枪法宏基因组测序

了解这种方法如何助力微生物学家评估细菌多样性、检测各种环境中微生物的丰度,以及研究那些难以或无法通过其他方式分析的无法培养的微生物。

宏转录组学和微生物转录组学

了解如何集体研究复杂微生物群落中表达的mRNA。这种方法还使研究人员能够深入了解微生物在特定时间对特定环境的响应。

16S rRNA测序问与答

显示 1 - 5 / 9 结果

联系我们

对了解16S和ITS rRNA测序的更多信息感兴趣吗?

参考文献

  1. Weisburg WG, Barns SM, Pelletier DA, et al. 16S ribosomal DNA amplification for phylogenetic study. J Bacteriol. 1991;173(2):697–703. doi: 10.1128/jb.173.2.697-703.
  2. Schoch CL, Seifert KA, Huhndorf S, et al. Nuclear ribosomal internal transcribed spacer (ITS) region as a universal DNA barcode marker for Fungi. Proc Natl Acad Sci. 2012;109(16):6241-6. doi: 10.1073/pnas.1117018109.